Hijo de padres portugueses, nació en Venezuela en 1982. A los 4 años se trasladó a Portugal, más concretamente a Fermentelos – Águeda, lugar de nacimiento de sus padres, y comenzó sus estudios musicales a los 6 años. Estudió en el Conservatorio Superior de Música de Águeda donde, además de las asignaturas de Ciencias Musicales, aprendió clarinete. Durante este período, participó en conciertos con la Orquestra Ligeira do Conservatório, dirigida por el difunto profesor Fernando Valente.

Integró la Orquesta Coimbra Sopros, dirigida por el Maestro Adelino Martins, con la que realizó varios conciertos en las principales ciudades del país y del exterior.

Recién a los 16 años asumió la Dirección Artística de la Banda Juvenil de la Banda Marcial de Fermentelos, cargo en el que alcanzó un éxito considerable. Posteriormente fue invitado a dirigir la Banda Filarmónica de Magueija – Lamego.

En 1998 ingresó al Curso de Práctica Orquestal de la Escuela Profesional de Música de Espinho, donde estudió oboe bajo la dirección del profesor Aldo Salvetti. En esa escuela, participó de escenarios y conciertos de la Orquesta Sopros, dirigida por el profesor Kevin Wauldron, y de la Orquesta Clásica, bajo la dirección de los Maestros Cesário Costa y Brian Shembri. Con esta Orquesta participó en 1999 en el Festival Internacional de Orquestas Jóvenes de Murcia-España y en 2002 en el “Festival Internacional de la Juventud de Aberdeen” en Escocia, habiendo sido seleccionado para formar parte de la Orquesta del Festival, formada por instrumentistas de todo el mundo. participantes del mundo y dirigida por el Maestro Roland Kieft.

También participó en la 2ª Etapa de la Orquesta Nacional APROARTE, realizada en 2000, bajo la dirección del Maestro Ernst Schell, así como en el 1º Festival de Música de Cámara de Beira Interior.

Ha formado parte de varias orquestas, como músico invitado, como la Orquesta Clásica de la Escuela Profesional de Música de Espinho, Orquesta Juvenil del Municipio de Santa Maria da Feira, Orquesta del Salão Jardim do Coliseu do Porto, Orquesta Clásica de Madeira, Orquesta Sinfónica Privada, Banda Sinfónica del Conservatorio de Música de Oporto, entre muchas otras agrupaciones.

Es licenciado en instrumentista de orquesta (oboe) por la Escuela Superior de Música y Artes Escénicas de Porto (ESMAE), donde estudió con el profesor Ricardo Lopes. Como alumno de esta Escuela, realizó pasantías y conciertos con la Orquesta Sinfonieta, habiendo trabajado con ilustres Maestros y solistas.

Ha complementado su formación como oboísta, participando en Cursos de Perfeccionamiento Musical, con destacados maestros como Andreas Wittmann, Stephan Schilli, Ricardo Lopes, Emanuel Abbuhl, Alex Klein, Ole-Henrik Dahl, Omar Zoboli, Christian Wetzel, Guy Laroche, entre otros. otros.

Como becario del Programa ERASMUS, estudió en Suecia en la “Musikhogskolan I Malmo” – Academia Superior de Música de Malmo, habiendo realizado conciertos con la Orquesta Sinfónica de la Academia, bajo la batuta del Maestro Jaako Kuusisto.

Desde muy temprana edad, Jonathan Costa mostró una enorme pasión e interés por el arte de la Dirección Musical, lo que le llevó a asistir a varios cursos y clases de esta especialidad, como el Curso Libre de Dirección de Orquesta de la Universidad Católica de Portugal-Oporto, bajo la dirección del Maestro Cesário Costa, Clases de Dirección Coral con la Profª. Bárbara Francke. Como participante, asistió a Cursos de Dirección Orquestal en el Conservatório Superior de Música de Gaia, bajo la dirección del Maestro Arnold M. Kats, y en la Orquestra Filarmonia das Beiras, bajo la dirección del Maestro Vasco Pearce de Azevedo. Participó en Águeda, en Cursos de Dirección Coral con los Maestros Edgar Saramago y Vasco Negreiros. En Lisboa, se unió a la clase de dirección de orquesta del profesor Jean-Marc Burfin en la Escuela Corda Perfeita. Además de los cursos ya mencionados, también participó en Cursos de Dirección con los Directores Douglas Bostock, Paulo Martins, Délio Gonçalves, Javier Vicero, José Pascual Vilaplana.

Ha participado en varios programas de televisión como músico y también como director de orquesta.

A lo largo de su carrera musical ha participado en conciertos en diversos puntos del territorio nacional, entre ellos Azores y Madeira y también en España, Francia, Escocia, Italia, Suecia, Estados Unidos de América. En mayo de 2015, se unirá a la Orquesta Nacional de Cabo Verde como músico, en conciertos que se realizarán en Cidade da Praia.

Jonathan Costa dirigió la Banda Recreativa União Pinheirense de 2002 a 2011, donde creó la Orquestra Juvenil y la Orquestra Ligeira de esa Banda. Es fundador de la Orquesta Joven del Municipio de Águeda.

Enseñó en la Escuela Profesional de Música de Espinho, las disciplinas de Oboe y Música de Cámara.

Actualmente es Profesor de la Clase de Oboe en el Conservatorio de Música de Águeda, donde también dirige la Orquesta de Viento, en el Conservatorio de Música de Jobra (Branca-Albergaria-a-Velha), en la Escuela de Música S. Teotónio de Coimbra y en la Escuela de Música de Valongo do Vouga. También es director artístico del grupo musical que ameniza las ceremonias oficiales de la Universidad de Coimbra y miembro efectivo – 1° Oboe de la Orquestra Clássica do Centro, en Coimbra.
Concluyó con méritos reconocidos la Maestría en Enseñanza de Música en el Instituto Piaget – Viseu, habiendo cursado también la Maestría en Dirección de Orquesta (especialista en viento) en la misma institución.

Es director de la Banda de Música Pinheiro da Bemposta desde diciembre de 2011 y autor de su himno oficial.